Facture électronique : la DGFip précise sa position à l'égard des assujettis rencontrant des difficultés au démarrage

Le calendrier de la réforme de la facture électronique est maintenu. Toutefois, la DGFip affirme qu'elle fera preuve de discernement à l'égard des assujettis qui ne seront pas dans les clous pour la première échéance, celle du 1er septembre 2026. "Pendant la phase de démarrage, il n'y aura pas d'application des sanctions aux entreprises rencontrant des difficultés dans la mise en œuvre de la réforme mais qui sont engagées dans une trajectoire sérieuse de mise en conformité, résume la DGFip. L'administration distinguera ces situations de celles relevant d'une inertie, d’un évitement ou d'un refus durable d’entrer dans le dispositif. Elle tiendra compte des difficultés réelles, documentées et suivies d’actions de correction. Cette approche ne constitue ni un report ni une suspension de l’obligation", affirme-t-elle dans un document publié vendredi 10 juillet.

Concrètement, on y apprend par exemple que les factures envoyées dans un premier temps par un canal alternatif pourront être acceptées lorsque le fournisseur est pourtant tenu d'émettre une facture électronique, ce qui incombe aux grandes entreprises et aux entreprises de taille intermédiaire dès le 1er septembre 2026. Mais pas sans conditions. "Une facture reçue ou transmise par un autre canal habituel, par exemple par mail, PDF ou papier, ne doit pas être écartée pour cette seule raison lorsqu’elle correspond à une opération réelle et comporte les informations nécessaires à son traitement", résume la DGFip car une telle facture "peut permettre d’assurer la continuité du traitement, du paiement et de la relation commerciale".

Que doit alors faire le fournisseur — grande entreprise ou entreprise de taille intermédiaire (ETI) — qui n'aurait pas envoyé une facture par une plateforme agréée alors qu'il aurait dû le faire ? "Lorsque le circuit attendu par la réforme ne peut pas être utilisé immédiatement pour une facture ou un flux déterminé, l’entreprise doit rechercher une solution permettant d’éviter une rupture de facturation, un blocage de paiement ou une difficulté de trésorerie. La transmission par un canal alternatif peut alors permettre d’assurer la continuité du traitement de la facture. Pour les entreprises soumises à l’obligation d’émission électronique, cette transmission ne se substitue pas au circuit prévu par la réforme : une régularisation par la transmission de la même facture électroniquement est préférable, mais n'est pas requise systématiquement", indique la DGFip. Et de prévenir: "une entreprise soumise à l’obligation d’émission électronique ne peut pas organiser durablement son fonctionnement cible en dehors du dispositif, sans démarche de mise en conformité ni régularisation".

Qu'en est-il pour un assujetti qui recevrait, à partir du 1er septembre 2026, une facture non électronique (au sens de la réforme) d'une grande entreprise ou d'une entreprise de taille intermédiaire ? "S’agissant de la TVA, le seul fait qu’une facture ne soit pas transmise par le circuit électronique attendu ne prive pas automatiquement l’entreprise de son droit à déduction, affirme la DGFip. Le droit à déduction demeure apprécié au regard des conditions de fond et de forme applicables. Lorsque le fournisseur est soumis à l’obligation d’émission électronique et que la facture aurait dû être transmise par le circuit prévu par la réforme, il peut être invité à transmettre ou à régulariser cette même facture par ce même circuit. Cette demande n’est pas obligatoire au démarrage de la réforme et ne constitue pas une condition de validité, de traitement, de paiement ou de déduction de la facture reçue par un autre canal", précise la DGFip. 

Ainsi, durant cette phase de démarrage, une entreprise cliente peut recevoir d'une grande entreprise ou d'une entreprise de taille intermédiaire (ETI) la même facture par plusieurs canaux, par exemple par mail et par le circuit électronique attendu. Il est donc impératif qu'elle s'organise pour éviter un double paiement, une double comptabilisation et une double déduction de TVA. "Dans ce cas, l’entreprise doit désigner une facture de référence dans son système de traitement, poursuivre le circuit de validation ou de paiement sur cette seule base, et marquer les autres exemplaires comme copies, doublons ou duplicatas, précise la DGFip. Il ne s’agit pas de refuser la facture, mais d’éviter qu’elle soit traitée plusieurs fois. Lorsque l’origine du double envoi est liée à une régularisation, à une transmission non électronique, ou à un incident de démarrage, l’entreprise conserve simplement la trace du rapprochement effectué. Cette trace doit permettre de comprendre pourquoi plusieurs exemplaires ont été reçus et de démontrer qu’une seule opération a été comptabilisée, payée et, le cas échéant, déduite au titre de la TVA", ajoute-t-elle.

Autre situation abordée, celle dans laquelle un client assujetti ne parvient pas à traiter correctement une facture électronique reçue. Cela peut être le cas en raison d'un problème de paramétrage ou d'intégration informatique. La DGFip indique que cette entreprise doit d'abord identifier la difficulté rencontrée puis contacter soit son prestataire, soit son éditeur, soit son expert-comptable soit sa plateforme afin de corriger la situation. Elle précise que "pendant cette phase, l’entreprise peut mettre en place des modalités internes transitoires de traitement, à condition de conserver une traçabilité suffisante, notamment par les échanges relatifs aux factures concernées et la précision de la difficulté en question. L’objectif est simple : poursuivre l’activité, traiter les factures, éviter les ruptures de paiement et corriger progressivement les difficultés rencontrées". Ces précisions de l'administration suffiront-elles ?